Yves Mauffette est détenteur d'un Ph.D. en écologie de UC Davis et San Diego State University, d'une maîtrise ès sciences (écologie) de l'Université McGill et d'un baccalauréat ès sciences (agronomie-biologie) du Collège MacDonald. Entré à l'UQAM en 1986, il devient professeur régulier en 1988, adjoint au directeur du module de biologie (1993-1998), directeur du programme en APP au module de biologie (1996-1998), professeur titulaire en 1998, directeur du module de biologie (1998-2000), directeur du Groupe de recherche en écologie forestière interuniversitaire-GREFi (2001-2002), vice-doyen aux études de la Faculté des sciences (2002-2007) et doyen de la Faculté des sciences (2007 à 2009). Il est présentement vice-recteur à la Recherche et à la création.
Auteur de très nombreuses publications scientifiques, Yves Mauffette a été professeur invité à UC Berkeley et à l'Université de Newscastle en Australie. Il a supervisé les projets de maîtrise, de doctorat et de post-doctorat d'une cinquantaine d'étudiants. Il a participé à de nombreux projets de recherche en biologie et dans le domaine de l'éducation post-secondaire. En 2002, il a reçu le Prix d'excellence en enseignement de l'Université du Québec et, en 2004, le Prix 3m Excellence en enseignement de la Société pour l'avancement de la pédagogie universitaire (SAPES).